在上一期内容我们主要展示了赛纳S100基因测序仪双模式在病原微生物zymo标准品中的检测性能(点击回顾上篇)。本期内容我们将展示赛纳S100基因测序仪双模式在基因组高度相似的物种之间的检测性能,以及在真实临床样本病原微生物mNGS检测中的应用价值。
01
实验方案
1. 将甲型流感的2个病毒亚型H1N1和H3N2病毒按照不同比例进行混合后,加入人源NA12878 gDNA制备成3种不同梯度的样品,构建mNGS文库;
2. 将金黄色葡萄球菌和表皮葡萄球菌按照不同的比例混合后,加入人源NA12878 gDNA,制备成3种不同梯度样品,构建mNGS文库;
3. 采用S100 单端75模式,分别用高准确度的ECC和快速测序模式BitSeq进行测序。每个样本取20M reads进行后续分析。
4. 上述2份数据,均经过常规的去除低质量序列、重复序列和人源序列后,通过Kraken2 + Bracken 与一个超过2万种病原菌包含细菌,真菌,病毒,寄生虫的数据库进行分类鉴定。
02
实验结果
fig1:3个临床样本,3次重复检测,原始下机数据Q20,Q30和Q40比例。
对3例不同类型的临床样本S100基因测序仪测序结果分析显示:致病微生物检出种类与基于可逆末端终止法(CRT)测序得到的相对丰度也基本一致;两种测序模式下,3次重复检测相对丰度排序前10位的微生物结果完全一致;3例临床样本检出的致病微生物与临床培养结果一致。
03
结论
赛纳S100测序仪特有的两种测序模式,在基因组相似度很高的物种之间均能稳定可靠地检出目标病原微生物,在真实临床样本中也能检出与CRT测序方法相同的结果。S100超快速的BitSeq简并测序,能在6.5小时以内获得测序数据,实现病原微生物的快速鉴定;ECC纠错码测序具有80%以上的Q40碱基比例,在某些特殊的应用场景下可以作为BitSeq测序模式强有力的补充,可以满足低丰度病原微生物的耐药鉴定等需求。
更多测试数据即将发布,敬请期待。同时欢迎广大合作伙伴前来垂询、测试,共谋发展。
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